Alcalá del Júcar fue, hacia el siglo XII, fortaleza musulmana formando la línea defensiva en la ribera del río Júcar.
En el año 1213 una expedición relámpago de Alfonso VIII consigue arrebatar a los musulmanes los castillos de Garadén, Jorquera y Alcalá. Un año más tarde se produce la definitiva victoria sobre los Almohades en las Navas de Tolosa, rompiendo toda la defensa árabe y reconquistando la provincia de Albacete.
Alcalá del Júcar fue aldea de Jorquera, hasta que el 18 de Abril de 1.364, Pedro I de Castilla firmó un documento en el Grao de Valencia, concediendo a Alcalá del Júcar el villazgo y la segregación de Jorquera.
Como todas las poblaciones cercanas, perteneció al estado de Villena y padeció las vicisitudes de este peculiar señorío, que tanta importancia tuvo en la Edad Media y en la gestación de la moderna monarquía castellana.
Alcalá del Júcar será escenario de numerosas batallas entre los nobles del estado de Villena, y posterior marquesado.
En este periodo surge la figura de Juan Pacheco, favorito de Enrique IV, nombrado por el Marqués de Villena, que dominara el territorio y es artífice de muchos de los castillos e iglesias que han llegado hasta hoy.
Alcalá del Júcar estará sometida al poder feudal hasta el siglo XIX.
